мне кажется, вы сурово путаете квалификацию и личные убеждения.

квалификация состоит в овладении инструментарием науки. наука же представляет собой модель мира, а не мир-как-он-есть. религиовед вполне может быть атеистом и квалифицированным религиоведом. равно как астроном может быть квалифицированным астрономом, но считать, что на самом-то деле Птолемей прав, только коперниканская модель работает лучше. (вот Галилей в свое время считал наоборот: что Коперник прав, хоть птолемеева модель и работала тогда лучше, и ничего, не помер от когнитивного диссонанса).

в обществе, которое ставит верность некоей идеологии условием получения квалификации, носители другой идеологии останутся без квалификации, потому что их выгонят из университетов. вам такая ситуация кажется нормальной, потому что вы, вероятно, разделяете идеологию, на основе которой будет производиться отбор.
чтобы понять, почему эта ситуация ненормальна, представьте, что отбор происходит на основании идеологии, которая вам противна.