1. Security - палка о двух концах.
2. Чего говорить о совместимости, если каждую страницу приходится тестировать в тройке ИЕ-Лис-Хром. Как минимум, тройке.
3. Ни одна веб-страница не сравнится в простоте с грамотно написанным desktop app.
4. Я позволяю свом клиентам устанавливать программу без покупки дополнительной лицензии одновременно на двух компьютерах. А доступ с мобильника ей не нужен.