Из музеев Метрополитен и Frick. На все той же музейной миле есть Guggenheim. Совсем рядом с Фриком - Metropolitan Breuer, посвящённый современному искусству.
Если любите XIX век - off beaten path есть Dahesh museum
Ещё можно посмотреть Onassis Cultural Center. Он удобно расположен и его легко осмотреться час-два, но нужно смотреть что там сейчас выставлено, так как там постоянно новые выставки и не все интересные.